Rekuperacja i klimatyzacja pełnią różne funkcje, dlatego trudno traktować je jako zamienne rozwiązania. System rekuperacji odpowiada przede wszystkim za stałą wymianę powietrza i poprawę jego jakości w budynku. Klimatyzacja natomiast służy głównie do obniżania temperatury w pomieszczeniach podczas upałów.
Dobrze zaprojektowana rekuperacja może poprawić komfort latem, ponieważ nawiewane powietrze jest filtrowane i częściowo stabilizowane temperaturowo. Nie zapewni jednak efektu chłodzenia porównywalnego z klimatyzacją.
W nowoczesnych domach oba systemy często działają równolegle. Rekuperacja odpowiada za świeże powietrze przez cały rok, a klimatyzacja wspiera utrzymanie komfortowej temperatury w okresie letnim.